Científicos del ARS en Corvallis (Oregón), en colaboración con la Universidad Estatal de Oregón, han desarrollado una plataforma de vigilancia de enfermedades que podría mejorar la agricultura estadounidense al abrir nuevas perspectivas para la sanidad vegetal. PathogenSurveillance es una innovadora herramienta de software de código abierto que permite analizar e identificar rápidamente nuevas variantes microbianas a partir de secuencias de ADN.
La canalización automatizada PathogenSurveillance es una herramienta de flujo de trabajo innovadora que ayuda a los científicos a responder en tiempo real a patógenos y plagas invasoras emergentes o reemergentes. Esta plataforma de vigilancia mejorará la sanidad vegetal y contribuirá a reducir la propagación de enfermedades nuevas y emergentes en ecosistemas agronómicos, urbanos y forestales.
"Esta canalización genómica revoluciona la sanidad vegetal, ya que nos permite identificar cualquier microbio, plaga o patógeno en cuestión de minutos u horas una vez que se dispone de una secuencia genómica", afirmó Nik Grunwald, fitopatólogo investigador del ARS en la Unidad de Investigación sobre Manejo de Enfermedades y Plagas de Cultivos Hortícolas en Corvallis. "La canalización genómica puede utilizarse para la biovigilancia en tiempo real de patógenos conocidos o desconocidos con relativa rapidez, lo que reduce drásticamente la barrera de adopción y uso de PathogenSurveillance".
Grunwald añadió que, dado que todo se basa en secuencias, esta herramienta puede utilizarse para monitorizar en tiempo real la evolución de plagas y patógenos, ofreciendo información sobre cómo cambian las poblaciones, surgen variaciones y se producen nuevas invasiones. La plataforma también puede desplegarse fácilmente para identificar un patógeno específico o para vigilar la aparición de nuevas cepas o variantes de enfermedades.
"Las muestras se envían a un laboratorio local y el genoma resultante se secuencia y se carga en el sistema de software de la canalización para su identificación", explicó Grunwald. "De este modo, la variación genómica puede monitorizarse a lo largo del tiempo y del espacio mediante la comparación de genomas".
Esto permite que PathogenSurveillance sea utilizado por laboratorios o clínicas con poca experiencia computacional y proporciona, según Grunwald, una "capacidad sin precedentes para el diagnóstico en campo o en el punto de atención de plagas y patógenos".
La plataforma PathogenSurveillance también permite a los científicos introducir desde una hasta varios cientos de muestras poblacionales de genomas de tamaño pequeño a moderado —incluidos bacterias, hongos, insectos y nematodos— para la vigilancia e identificación de patógenos.
El resultado del programa es intuitivo para el usuario, ya que puede generar gráficos de diversidad genética y crear informes en forma de documentos HTML interactivos.
Los científicos pueden descargar la herramienta de software PathogenSurveillance en:
https://nf-co.re/pathogensurveillance/1.0.0/
Enlace a la investigación: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2025.10.31.685798v2
Fuente: ars.usda.gov
